在醫(yī)療實踐的同時，曾學軍教授致力于臨床醫(yī)學教育，任美國內(nèi)科醫(yī)師學會（ACP）Fellow、美國醫(yī)學研究所（IOM）中國醫(yī)學教育代表。曾榮獲北京市高等教育改革二等獎、 “住院醫(yī)師心中好老師”、北京市師德先進個人、北京協(xié)和醫(yī)學院教學名師等榮譽，帶領(lǐng)普通內(nèi)科獲得2015年北京協(xié)和醫(yī)學院教學團隊稱號。2019年2月入選十大社區(qū)健康促進首 席專家。

北京協(xié)和醫(yī)院風濕免疫科科室承擔或參與完成了數(shù)十項國家和部委的科研課題，主持和參與眾多國際、國內(nèi)多中心臨床研究以及高質(zhì)量單中心臨床研究，發(fā)表數(shù)百篇SCI收錄論文，主持制定多項風濕免疫病領(lǐng)域臨床診斷和指南，先后獲得12項國家及省部級獎勵，包括3項國家科技進步獎，出版學術(shù)專著多部。為開展具有管理科學、規(guī)范的、符合國際一 流水平的全國大規(guī)模多中心自身免疫病臨床研究奠定了堅實的基礎(chǔ)。

北京協(xié)和醫(yī)院風濕免疫科從建科時僅有3張病床的小科室發(fā)展到今天，協(xié)和風濕免疫科已擁有68張病床，年收治患者1500例次以上，年門診量逾12萬人次，不僅注重系統(tǒng)性紅斑狼瘡、干燥綜合征、類風濕關(guān)節(jié)炎、強直性脊柱炎等常見風濕性疾病的規(guī)范診治，更強調(diào)對少見風濕性疾病、風濕性疾病重要臟器損害以及風濕性疾病嚴重并發(fā)癥的綜合診治，追求更精 確的診斷、更細致的評估、更有效的治 療效果。

重視科研是協(xié)和風濕免疫科的傳統(tǒng)?？剖?979年起就率先在全國進行自身抗體檢測的研究。1988年，“抗核抗體譜的建立及臨床應用研究”獲國家科技進步三等獎；1995年，“原發(fā)性干燥綜合征的系列研究”獲國家科技進步三等獎；近年來，獲北京市科學技術(shù)獎、中華醫(yī)學科技獎、華夏醫(yī)學科技獎等省部級獎項共計13項。