在無菌車間中，使空間內達到無菌要求，就是室內環(huán)境控制的重點。控制微生物的生長、殺滅或去除微生物的方法通常有兩種，一種為化學類，另一種為物理類。其中，化學方法有化學劑、氣化雙氧水、臭氧和環(huán)氧乙烷等;物理方法有濕熱或干熱、輻射和過濾等。

無塵無菌車間是指將一定空間范圍內之空氣中的微粒子、有害空氣、等之污染物排除，并將室內之溫度、潔凈度、室內壓力、氣流速度與氣流分布、噪音振動及照明、靜電控制在某一需求范圍內，而所給予特別設計之房間。

無塵無菌車間內空氣的流動有兩種情況：一種是層流的(即室內一切懸浮粒子都保持在層流層中運動);另一種是非層流的(即室內空氣的流動是紊流的)。裝有一般空調系統的潔凈室，室內空氣的流動屬于非層流(紊流)，既可使空氣中夾帶的混懸粒子迅速混合，也可使室內靜止的微粒重新飛揚，部分空氣還可出現停滯狀態(tài)。

在獲得了無菌環(huán)境和無菌材料后，還要保持無菌狀態(tài)，才能對某種特定的已知微生物進行研究或利用它們的功能，否則外界的各種微生物很容易混入。外界不相干的微生物混入的現象，在微生物學中叫做污染雜菌。防止污染是微生物學工作中十分關鍵的技術。