專為運輸要求保持一定溫度的冷凍貨或低溫貨而設(shè)計的集裝箱。它分為帶有冷凍機的內(nèi)藏式機械冷藏集裝箱和沒有冷凍機的外置式機械冷藏集裝箱。適用裝載肉類、水果等貨物。冷藏集裝箱造價較高，營運費用較高，使用中應(yīng)注意冷凍裝置的技術(shù)狀態(tài)及箱內(nèi)貨物所需的溫度。

機械式冷藏集裝箱也有一些缺點：如設(shè)備復(fù)雜、初始投資大、維修費用高；箱內(nèi)溫度梯度要大于液氮冷藏集裝箱；箱內(nèi)需設(shè)風(fēng)機、風(fēng)道系統(tǒng)，會增加箱內(nèi)貨物的干耗、脫水。

氣調(diào)冷藏集裝箱具有一般機械式冷藏集裝箱的所有制冷功能，同時裝有一種氣調(diào)設(shè)備，可以調(diào)節(jié)和控制箱體內(nèi)的空氣成分，以減弱新鮮果蔬的呼吸強度，從而減緩果蔬的成熟進度，達到保鮮的目的。

氣調(diào)保鮮的關(guān)鍵是調(diào)節(jié)和控制貨物儲存環(huán)境中的各種氣體的含量。最常見的是用充氮降氧方法來降低環(huán)境中的氧氣含量，控制乙烯含量，減緩果蔬成熟。氣調(diào)冷藏集裝箱的氣密性要求較高，一般要求漏氣率不超過2m3/h。

采用氣調(diào)冷藏集裝箱運輸具有保鮮效果好、儲藏損失少、保鮮期長和對果蔬無任何污染的優(yōu)點。但由于采用氣調(diào)設(shè)備后，技術(shù)要求高，冷藏集裝箱價格高，因此使用還不普遍。

此外，有一種低壓冷藏集裝箱與氣調(diào)冷藏集裝箱類似，這種集裝箱是將果蔬置于低壓環(huán)境中進行儲運。箱內(nèi)壓力為1333～10666 Pa，相對濕度90%～95%，溫度一2℃～+16℃。氧的含量為（0.1±0.03）%，要進行換氣，以便限制乙烯和 等有害氣體。低壓冷藏集裝箱由制冷系統(tǒng)、真空系統(tǒng)和動力系統(tǒng)組成。制冷系統(tǒng)用于降低溫度；真空系統(tǒng)用于排除箱中的空氣和水汽；動力系統(tǒng)用于柴油發(fā)電，供集裝箱用電。