專為運輸要求保持一定溫度的冷凍貨或低溫貨而設計的集裝箱。它分為帶有冷凍機的內藏式機械冷藏集裝箱和沒有冷凍機的外置式機械冷藏集裝箱。適用裝載肉類、水果等貨物。冷藏集裝箱造價較高，營運費用較高，使用中應注意冷凍裝置的技術狀態(tài)及箱內貨物所需的溫度。

冷藏集裝箱是指具有隔熱的箱壁（包括端壁和側壁）、箱門、箱底和箱頂，能阻止內外熱交換的集裝箱。冷藏集裝箱包括耗用冷劑式冷藏集裝箱、機械式冷藏集裝箱、制冷/加熱集裝箱、隔熱集裝箱以及氣調冷藏集裝箱等。

機械式冷藏集裝箱也有一些缺點：如設備復雜、初始投資大、維修費用高；箱內溫度梯度要大于液氮冷藏集裝箱；箱內需設風機、風道系統，會增加箱內貨物的干耗、脫水。

隔熱集裝箱是指不設任何同定的、臨時附加的制冷和或加熱設備的冷藏集裝箱。隔熱集裝箱具有良好的隔熱性能，為實現其保溫功能，必須有外接制冷或加熱設備，向箱內輸送冷風或熱風以達到保溫目的。